根据中共南通市生态环境局党组《关于明确驻县（市）及通州区生态环境局内设机构设置的通知》（通环党〔2019〕56号）要求，南通市海门生态环境局设办公室、法规宣教科、综合科、水生态环境科、大气环境科、土壤与固体废物科（核与辐射安全管理科）6个科室。

内设机构主要职责：

（一）办公室。负责机关日常运转，承担文电、会务、机要、档案、信息、安全、保密、信访、政务公开等工作；负责机关及所属事业单位组织人事、党群、老干部等工作；负责机关会议的组织和决定事项的督办；承担局系统人才队伍建设工作；负责机关财务、国有资产监督管理工作；牵头环保专项资金和项目管理；负责组织实施目标责任考核及奖惩工作；负责人大议案、建议和政协提案的办理等工作。

（二）法规宣教科。承担行政处罚、行政应诉和行政复议答复等工作，指导和监督环境保护依法行政工作；负责司法联动协调管理；负责环境行为信用评价监督管理工作；负责生态环境损害赔偿相关工作；负责生态环境保护宣传教育；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担新闻审核和发布；负责生态环境业务培训、普法宣传。

（三）综合科。组织编制生态环境规划、生态环境功能区划，协调和审核生态环境专项规划；拟订生态环境保护年度目标、计划并督促实施；开展生态状况评估，指导生态示范创建工作；承担自然保护地、生态保护红线相关监督管理工作；组织协调生物多样性保护工作；承担生态环境统计、污染源普查和生态环境形势研究分析工作；联系驻地行政审批局，做好环境影响评价制度监督管理工作；负责排污许可证工作；协调生态文明建设工作，开展生态文明建设考核和评价；联系污染防治攻坚战工作；承担生态环境科技工作；组织环境保护新技术的示范与推广；参与指导和推动循环经济与生态环境产业发展工作。

（四）水生态环境科（海洋生态环境科）。负责水生态环境监督管理，承担流域水环境保护职责；拟订并组织实施水污染防治规划和计划；拟订水环境功能区划、流域水生态环境保护规划；指导入河、入海排污口设置；负责水污染减排、流域生态补偿等工作。（负责海洋生态环境监督管理工作）

（五）大气环境科。负责大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理；拟订并组织实施大气污染防治规划和计划；拟订并组织实施重污染天气应对政策措施；组织实施区域大气污染联防联控协作机制；负责大气污染物减排工作；负责机动车排气污染监督管理工作；承担应对气候变化及温室气体减排工作；承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作。

（六）土壤与固体废物科（核与辐射安全管理科）。负责土壤等污染防治和生态保护的监督管理；拟订并组织实施土壤污染防治规划和计划；负责监督防止地下水污染；指导农村生态环境保护；监督指导农业面源污染治理工作；负责固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理，拟订并组织实施相关污染防治政策、规划和计划；组织实施有毒化学品进出口登记、新化学物质环境管理登记等；负责重金属减排工作；承担核与辐射环境安全管理工作；拟订并组织实施核技术应用、电磁辐射、放射性物质运输和伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治规划和计划；负责废旧放射源和放射性废物管理；负责辐射事故应急工作，参与核事故应急处置；配合上级生态环境部门对核设施安全、核材料管制和民用核安全设备实施监督管理。