根据中共南通市生态环境局党组《关于明确南通市海安生态环境执法局等六个生态环境执法局内设机构和职责的通知》《通环党〔2019〕68号》要求，南通市海门生态环境执法局设下列内设机构：办公室、综合执法科、信访应急科3个科。另外，南通市海门生态环境执法局设置执法一至六科6个科。

内设机构主要职责如下：

（一）办公室。负责单位日常运转，承担文电、会务、机要、档案、信息、安全、保密、政务公开等工作；承担起草综合性文件文稿工作；承担政务协调和督办工作；负责固定资产管理工作；负责干部人事、劳动工资、绩效考核等工作；负责党建和精神文明建设等工作。

（二）综合执法科。牵头开展综合类生态环境专项行动；制订“双随机”检查及交叉执法、联合执法检查等工作方案并组织实施；制订生态环境监督管理网格化工作方案并组织实施；指导企事业单位生态环境信息公开和污染源全面达标。组织开展生态环境执法规范化建设；负责移动执法系统管理工作；

（三）信访应急科。统筹各辖区内环境安全和环境应急管理工作; 组织编制县（市、区）级环境应急预案，指导督促辖区内制定相应环境应急预案；组织开展环境应急演练，开展应急人员培训等；组织辖区内环境污染事故的预测和预警工作，收集、报告、通报、发布环境污染和预警信息；组织实施环境应急响应，开展事件信息的分析、评估，提出应急处置方案和建议；统筹环境污染事故的调查、处理、评估和报告。统筹辖区内重要环境污染信访举报的调处、转办、督办等工作；负责协调解决有关跨区域生态环境污染纠纷；负责与“110”、“12345”等热线部门的协作、联动。

（四）南通市海门生态环境执法局的执法一至六科分别下沉到相应区域性生态环境执法局负责管辖范围内生态环境执法工作。