（一）办公室
负责局系统党建、精神文明和机关作风建设；承担管理、协调、督办机关办公事务；拟定局机关月度、年度综合性工作计划及机关规章制度，并检查执行情况；负责起草全局性的公务文书和政务信息工作；负责局会议组织、文电处理、档案管理、保密保卫、安全卫生、组织接待、车辆管理、办公自动化等保障工作；负责管理局系统公用物资、日常行政事务等管理工作；负责人事编制、劳动工资、年度考核、技术职称（等级）评审、职改、职工教育、工青妇、老干部和机构编制工作；负责牵头编制环保年鉴，牵头承办人大代表建议、议案和政协委员提案的答复工作；负责市环境保护委员会办公室日常工作；组织实施环保目标责任制及全市环保行政表彰。
（二）规划财务科
承担编制全市环境保护中长期规划、计划工作；参与编制市可持续发展纲要、经济和社会发展规划、国土开发整治规划、区域经济开展规划、环保基础设施和环境污染综合治理项目计划；承担编制环保事业经费和专项经费计划、污染防治资金预算、决算、审计工作；承担排污费票据、环保补助资金和污染防治基金管理工作；负责申报中央、省环保专项资金工作；承担局有资产清查、登记、管理工作；承担系统财务审计和监督管理工作。负责编制环境年鉴和编制发布环境质量状况公报；负责环境统计，审核所有以市环保局名义对外发布的环境统计信息报告。
（三）污染控制科（挂放射源管理科、自然生态科牌子）
拟定全市主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划建议；考核总量减排情况；组织开展排污权交易工作；负责全市大气、水体、噪声、土壤、固体废物、有毒化学品及机动车污染防治和监督管理，组织实施机动车环保标志发放；组织实施污染治理设施限期治理验收工作；组织拟定并监督实施重点流域、重点区域污染防治规划；负责编制和组织实施环境功能区划；负责编制全市城镇环境综合整治计划，并组织实施和考核；负责审查环境监测规划和年度工作计划；承担环境统计和污染源普查工作；负责烟控区和噪声达标区建设；配合有关部门实施污染集中控制，淘汰污染严重的落后工艺和设备；参与编制和实施市环保专项资金计划；承担核与辐射安全管理工作；负责放射性废物管理和辐射事故应急工作；参与核事故应急；承担国家卫生城市、文明城市、环保模范城市和生态市等创建中有关环境保护工作。负责自然生态保护和农村生态环境保护，负责环境优美乡镇、生态示范村等创建工作；负责农村环境综合整治工作；参与生态工业、生态农业建设；指导秸秆综合利用技术推广工作；指导、协调和监督海洋环境保护工作；负责长江、海洋、野生动植物保护及长江、海洋环境污染防治与监督管理。组织拟定并监督检查生物多样性保护计划；监督自然资源开发活动中的环境保护；指导生态破坏恢复整治、湿地环境保护和重大生态环境建设；管理生物技术环境安全；组织对重大生态破坏事故的调查处理。
（四）环境影响评价科
承担全市建设项目环境管理工作。监督实施环境影响评价制度；组织重大发展规划和重大经济开发计划环境影响评价工作；按规定权限负责审批环境影响评价文件、各类规划环境影响评价报告书，负责建设项目设计任务书（或可行性研究报告）和初步设计中环境保护篇章的审查；组织实施建设项目“三同时”制度；承担行政审批中心环保窗口工作。负责环境管理体系和环境标准有关工作，实施环境保护资质备案制度；组织实施建设项目试生产、环保设施“三同时”竣工验收工作；参与审核城市总体规划中的环境保护内容；组织环保科研及环保实用技术的推广；承担环保科研成果初审和推荐工作。
（五）法制宣传科
负责有关环境执法规范性文件的审核和上报备案工作；指导全市环保法制建设；组织推行行政执法责任制，规范、监督依法行政工作；承担环境保护行政处罚、行政复议和应诉工作；负责执法人员的法制培训和行政执法证件管理；组织开展对全市贯彻执行国家环境保护法律法规的执法检查；负责实施政府、企业等环境行为信息公开化工作；负责单位和个人环保守法情况证明的办理工作。负责拟定并组织实施全市环境保护宣传教育工作规划、计划；负责宣传党和国家各项环保方针政策、法律法规和环保科学知识；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担局新闻审核和发布工作。组织实施全市环境保护宣传教育活动和培训，参与组织 “绿色学校”、“绿色社区”、“绿色宾馆”和环境教育基地建设工作。
另按有关规定设立纪检监察机构。