市交通运输局共设办公室、政策法规科、工程科、港口管理科、财务审计科5个内设机构，分别有以下职能：

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一、办公室

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承担协调局机关行政事务工作；按干部管理权限，负责局机关和所属单位的机构编制、劳动人事、职称评聘、干部考察、培训、选拔、调配、任免聘用、后备干部选拔培养、考核奖惩、工资福利、离退休干部管理、关心下一代工作；负责文秘、政务、信息、机要、保密、信访及人大代表建议、政协委员提案的办理等工作；负责组织起草局综合性文稿、重要报告、史志、年鉴以及有关重要会议的组织工作；负责并指导交通运输行业党建、统战、精神文明建设和思想政治、宣传教育、干部职工队伍建设、计划生育、人民武装、工会、共青团等方面工作；负责全局档案收集、整理和管理工作；负责交通运输行业规划的归口、汇总工作；负责交通运输行业卫生创建、扶困解困、挂钩镇村帮扶等有关管理工作；负责交通运输系统的民兵组织建设、预备役人员管理；负责征兵及拥军优属工作，负责协同有关部门搞好国防教育；综合协调各科室间的工作；负责局机关资产、印信、车辆、环境

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卫生、后勤事务和对外接待等工作。

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二、政策法规科(挂安全科)

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组织开展交通运输行业政策研究和法制工作，制定普法教育规划及宣传、培训、教育的实施计划；负责交通运输行业规范性文件的起草、审核与备案；指导交通运输行业行政执法、执法监督和执法队伍业务培训工作；承担法制宣传教育和依法治市、综合治理、平安创建等工作的考核、检查、监督；承担全市交通运输行政执法的协调管理工作；组织、指导交通运输行政许可统一受理、统一审批、统一送达工作；承办交通运输行政复议案件和行政诉讼案件工作。贯彻国家、省、市有关安全管理的法规、政策并监督执行；组织拟订并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；负责交通运输行业安全生产工作的考核、检查、监督，组织安全培训；依法组织或参与有关事故调查处理工作，监督事故查处的落实情况；承担公路、水路突发公共事件应急管理工作： 负责协调交通运输系统抗震救灾、内部治安、消防工作。

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三、工程科(挂农村公路建设管理办公室)

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组织拟定全市综合交通运输体系的中长期发展规划；拟定本市境内公路、水路发展规划、计划；负责拟订全市交通运输基础设施建设规划、年度计划；负责编制农村公路、基础设施养护经费年度投资计划；负责全市交通工程建设市场管理，行使在建工程项目的质量监督职能；对有关交通工程建设单位行使技术指导、进度控制职能，会同有关部门组织交通建设工程的交竣工验收；承担交通工程建设前期管理和概预算管理工作；负责全市交通运输基础设施项目的实施、管理；负责全市公路、航道养护的检查监督工作；指导全市镇村道路桥涵建设工程的规划建设；拟订全市交通战略建设规划，拟订和修改全市交通战备保障计划，做好交通战备工作；负责交通工程资料档案的收集、归档和管理。

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四、港口管理科

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贯彻执行《中华人民共和国港口法》，对法律执行情况实施监督检查，根据国家有关法律、法规及规章，制定有关港口管理实施办法，并组织实施；根据国家、省沿海开发战略和全市社会经济发展和城市总体规划，编制港口总体规划和布局规划；负责全市沿海沿江及内河港口的行政管理，依法对港口的岸线、陆域、水域实施统一的行政管理；负责全市港口公用基础设施建设、维护和管理工作；负责全市港口工程项目和港区范围内重大配套工程项目的审核、论证、报批工作；依法实施港口经营许可，审查和颁发港口经营许可证，负责全市港口建设市场秩序、经营秩序、安全生产、环境保护等实施监督和管理；负责全市港口信息的汇总、统计和管理工作；负责有关港口行政性收费的征收和代征工作。

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五、财务审计科

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贯彻落实国家、省、市有关财经方面的方针、政策、法规，指导交通运输行业财会工作；参与拟订交通运输行业筹融资政策，并组织实施；承担局机关及融资平台的资金收支管理、财务预决算工作，指导所属事业单位财务管理及部门预算编制工作；负责交通建设资金融通、筹措、调度和基建项目的拨款、结算工作；负责交通运输系统内部审计和财务管理制度的建立、考核与完善；负责交通运输行业财会工作的管理和监督；指导交通运输行业执行价格收费政策以及规费征管工作；负责局机关和交通运输系统会计报表编制上报工作；负责交通运输行业会计、内部审计和兼职内审人员的培训考核、财务档案的立卷归档和按规定销毁工作；行使对所属企事业单位和国有(集体)资产的受托管理职能，确保资产的保值、增值；负责交通运输行业综合统计、分析、汇总和信息发布工作。